La FQPPN est propriétaire et gestionnaire de la réserve naturelle des Battures-de-Saint-Augustin-de-Desmaures. Elle doit veiller au respect de l’entente de reconnaissance conclue avec le ministère du Développement durable, de l’Environnement et de la Lutte contre les changements climatiques. Pour y parvenir, elle s’est dotée d’un plan de gestion qui oriente ses activités ainsi que des politiques assurant une saine gestion du territoire concernée.
La FQPPN détient également une servitude de conservation au parc des Hauts-Fonds, où elle collabore à la protection et la mise en valeur du territoire.